Auf rund 400 qm erhält man Einblicke in die Grundlagen, Prozesse und Vorgänge im Binnenmeer Ostsee und wird über das Wirken des Menschen in diesem Lebensraum aufgeklärt. Hierfür wird ein interdisziplinärer Ansatz gewählt, der Bio-, Geo- und die Sozialwissenschaften umfasst. Insbesondere die naturbedingten Ursachen für die hohe Empfindlichkeit des Ökosystems Ostsee und die daraus resultierenden Gefahren bei intensiver Nutzung sowie die schädigenden Einwirkungen des Menschen sollen veranschaulicht werden. Ein besonderes Ausstellungsexponat ist ein moderner, multimedialer, interaktiver Wissenstisch zum Thema "Die Ostsee - das Meer in unserer Mitte". Dort werden zehn Themen der Agenda 21 bzw. Baltic21 aufgegriffen und anschaulich umgesetzt. Dabei wurde getreu dem Prinzip der Nachhaltigkeit eine spielerische Vernetzung von Ökologie, Ökonomie und sozialen Aspekten angestrebt. Die Themenfelder sind Industrie, Landwirtschaft, Tourismus, Fischerei, Schifffahrt und Raumordnung auf dem Meer. Ergänzt durch die konkreten Probleme, wie Windkraftanlagen, Bergbau im Meer, Meeresnaturschutz, Haushaltsabwässer und Wanderfische konnten die Themen noch vertieft werden. Für den Bau und Betrieb des OZEANEUMs bestimmte das Deutsche Meeresmuseum streng ökologische Kriterien - u.a. gemeinsam mit Greenpeace und den zuständigen Umweltbehörden. Seit der Eröffnung vor einem Jahr haben rund 900.000 nationale und internationale Gäste das OZEANEUM besucht.