Das Ziel der Wasser- und Schifffahrtsschule ist die Aufklärung und Information der Öffentlichkeit über das Thema Flüsse und Schifffahrt und der Auswirkungen auf den Lebensraum Fluss sowie deren wirtschaftlichen und klimarelevanten Zusammenhänge. Die schiffbaren Gewässer sind die einzigen Verkehrswege, wo sich der Verkehrsträger den Raum mit Tieren und Pflanzen teilt. Die Kinder (derzeitige Zielgruppe 3. und 4. Klasse) sollen zum einen ihren Lebensraum Fluss wieder entdecken und zum anderen auch die Faszination der Schiffe als umweltfreundlichstes Verkehrsmittel erleben. Allen an den Wasserstraßen Main und Main-Donau-Kanal gelegenen Grundschulen soll die Gelegenheit geboten werden, die Wasser- und Schifffahrtsschule zu durchlaufen. Die Themen der Unterrichtsmaterialien sind: Wasser als faszinierendes Element, Wasserkreislauf, Lebensraum Fluss, Wasserstraßen, Schifffahrt und Klima. Ab Sommer 2009 sollen die Bildungsangebote direkt auf dem Fluss, auf eigens für diesen Zweck ausgestatteten Schiffen stattfinden.